Según el artículo 24 de la Ley del Sistema Portuario Nacional (LSPN), la APN tiene, entre otras, las siguientes funciones:
- Velar por la prestación universal de los servicios portuarios a través de los puertos de titularidad pública y en el ámbito de su competencia.
- Establecer las normas técnico-operativas para el desarrollo y la prestación de las actividades y los servicios portuarios, acordes con los principios de transparencia y libre competencia.
- Normar en lo técnico, operativo y administrativo, el acceso a la infraestructura portuaria, así como el ingreso, permanencia y salida de las naves y de la carga en los puertos sujetos al ámbito de su competencia; los permisos para la navegación comercial de buques; y en lo pertinente a la apertura y cierre de los puertos, remolcaje, recepción y despacho, seguridad del puerto y de las naves, así como cualquier otra actividad existente o por crearse.
Asimismo, el Reglamento de la LSPN aprobado por Decreto Supremo Nº 003-2004 MTC de fecha 3 de febrero de 2004, y la modificatoria al artículo 64 aprobada por Decreto Supremo Nº 016-2006-MTC, indica que los servicios portuarios generales son aquellos que presta la Autoridad Portuaria competente y de los que se benefician los usuarios del puerto sin necesidad de solicitud. Entendiéndose por áreas comunes a todas las áreas del puerto no asignadas a uno o más administradores portuarios.
Los servicios portuarios generales son los siguientes:
- Control del tráfico portuario.
- Señalización, balizamiento y otras ayudas a la navegación en la zona portuaria.
- Protección y seguridad.
- Dragado.
- Alumbrado.
- Limpieza.
- Prevención y control de emergencias.