La Autoridad Portuaria Nacional tiene atribuciones exclusivas en lo técnico normativo, y otras atribuciones de carácter ejecutivo delegables a las Autoridades Portuarias Regionales, de acuerdo a lo que establece el Plan Nacional de Desarrollo Portuario. Las atribuciones son:
- Elaborar y proponer al Ministerio de Transportes y Comunicaciones el Plan Nacional de Desarrollo Portuario, compatible con objetivos y estrategias de desarrollo autosostenible.
- Elaborar y proponer los planes de inversión pública y las convocatorias a la inversión privada en materia de desarrollo portuario.
- Aprobar y supervisar los expedientes técnicos de las obras de infraestructura portuaria y las especificaciones técnicas de las maquinarias y equipos, que deben incluir medidas efectivas para la protección del medio ambiente y de la comunidad donde se desarrollen.
- Celebrar con el sector privado los compromisos contractuales que faculta la presente Ley, como resultado de un concurso público, con arreglo a ley.
- Promover el establecimiento de actividades comerciales y logísticas en los recintos portuarios.
- Normar las Zonas de Actividades Logísticas y autorizar las correspondientes a los puertos nacionales.
- Coordinar la integración de los terminales, infraestructura e instalaciones portuarias de iniciativa privada dentro del Sistema Portuario Nacional y fomentar su desarrollo.
- Fomentar la actividad portuaria y su modernización permanente. Velar por la prestación universal de los servicios portuarios a través de los puertos de titularidad pública y en el ámbito de su competencia.
- Establecer las normas técnico-operativas para el desarrollo y la prestación de las actividades y los servicios portuarios acorde con los principios de transparencia y libre competencia.
- Normar en lo técnico, operativo y administrativo el acceso a la infraestructura portuaria así como el ingreso, permanencia y salida de las naves y de la carga en los puertos sujetos al ámbito de su competencia; los permisos para la navegación comercial de buques; y en lo pertinente la apertura y cierre de los puertos, remolcaje, recepción y despacho, seguridad del puerto y de las naves, así como cualquier otra actividad existente o por crearse.
- Promover y facilitar las concesiones al sector privado en áreas de desarrollo portuario. Velar por el respeto de los derechos de los usuarios intermedios y finales en los puertos del ámbito de su competencia.
- Fomentar el empleo portuario, su calidad y el logro de una mayor estabilidad como consecuencia de la capacitación hacia la mayor especialización y polifuncionalidad de los trabajadores portuarios.
- Establecer las normas para mejorar la calidad total del Sistema Portuario Nacional y la seguridad industrial en los puertos, mediante el fomento de la inversión y capacitación general en técnicas de operaciones portuarias y de higiene y seguridad en el trabajo; y la vigilancia del cumplimiento de las normas nacionales e internacionales en esta materia.
- Coordinar con las demás autoridades nacionales las acciones pertinentes para garantizar la seguridad general y la lucha contra el contrabando y los tráficos ilegales.
- Establecer sistemas alternativos de solución de controversias entre operadores y usuarios por materias de libre disposición de las partes.